2009/10/26

次回データを用いてMixed Model

前回(2009/10/26)のエビ研は、Mixed Model初級編(2)ということで、初級編(1)の復習と、SPSS(今はPASWですね。)を用いてデータの再構成(SPSS用語か?データのreshaping?)を行いました。

データの再構成自体は、mixed modelと直接の関係はありませんが、3時点以上のデータがある場合にはmixed modelを用いると良いといった話題から、複数の時点で取っているデータをどのように入力したらmixed modelで解析できるのかという現実的な話が出たこともあり、実際にSPSS上で行ってみました。

さらに、土屋政雄さんから、縦断解析を行う際にお薦めの本をご紹介いただきました。Singer & Willett の Applied Longitudinal Data Analysis: Modeling Change and Event Occurrenceです。すばらしい本とのこと。(読んでみたいような、誰かにじっくり読んでもらってそれをあとで教えてもらいたいような。。。)

この日は反復測定など、複数時点でデータ収集を行うような研究について主に考えましたが、複数の地域や施設から横断的にデータを収集するような研究でmixed modelを用いて解析する予定の方もいらっしゃいます。
ということで、次回は縦断、横断両方のデータでmixed modelに触れてみよう!ということになりました。サンプルデータを用いてSPSS(もしくはSASも?)で行う予定です。

Mixed Modelを知りたい人、使用予定の人、どのような方もどうぞいらしてください。
日 時:2009年11月19日(木)11:00~
テーマ:Mixed Model 初級編(3)
場 所:医学部3号館 2階S210(計算機室)

SPSS用のサンプルデータは土屋さんが探してくれるとのことです。ありがとうございます!
ご自分のデータがある方は、それを使っていただいてもかまいません。
また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

以下は、今回行ったデータの再構成についてです。


1サンプルに関して測定したデータは1行で横長(wide)に入力することが多いと思いますが、SPSSのデータの再構成(Restructure)を行うと、たとえば反復測定を行った場合、同じ人のtime1, time2, time3をそれぞれ1行にして縦長(long)のデータセットにすることができます。その逆もできます。

参加者の多くは(私も含めて)、今までこういったlong形式のデータ入力を行う場合にはエクセル上で加工していたので、SPSSにこんな機能があったなんて!便利!と思った次第です。
SAS等、他のソフトでもできるとのこと。便利ですね。

実際にエビ研で行ったのはwide -> longの例です。
unit1~4に所属する人々(ID1~6)を2つのgroupに割り付け、3時点で何かの値を測定したとします。

wide
↑wide形式のデータ

これを、メニューバーのデータ→再構成から操作していくとlongの形式に変換できます。シンタックスは下記。
VARSTOCASES /MAKE y FROM time1 time2 time3
/INDEX = t(3)
/KEEP = ID unit group
/NULL = KEEP.

long
↑long形式のデータ


UCLAのサイト↓がわかりやすいです!
http://www.ats.ucla.edu/stat/spss/modules/reshapel115.htm

ご関心のある方は次回も是非いらしてください! (文責:宮本有紀)

2009/10/01

次もMixed Model

前回(2009/10/1)のエビ研はMixed Modelを取り上げました。

Mixed Modelとは、そもそも何のMixという意味なのか、いったい何をしているのか、どんなときに使うのか、どんな解析ソフトを用いれば良いのか、といった素朴な疑問から入っていったこの回、参加者全員で確認(納得?)できたことは、
・Mixed ModelはRandom EffectとFixed EffectをMixして解析するもの
・multilevel model, hierarchical linear model, random-effects model等いろいろな呼び方あり
ということです。
まぁ、Mixed Modelを知るのにrandom effect(変量効果)とfixed effect(固定効果)は外せないということですね、きっと。

そしてこのたび、皆でMixed Modelを学ぶにあたり、土屋政雄さんがとっても素敵な参考文献リストをエビ研にご提供くださいました!土屋さん(つっちー)の許可を得て、末尾に掲載させていただきます。

この回では、つっちーのリストにある文献を基に、皆の知識を持ち寄りながら、数学的な話から、MLwiN(multilevel model解析ソフト)の値段といった実用的な話まで、幅広い話をできたように思います。

また、自分のデータのどれをrandom effectと考えたらよいのか?という疑問に対しては、米倉佑貴さんが、Crawleyの書籍STATISTICS: AN INTRODUCTION USING R と、久保拓弥さんの「生態学のデータ解析 - ランダム効果とは?」というページをご紹介くださいました。
こういった知識・情報を共有してくれる皆様がいらっしゃるということは有り難いことですね。

上記のように盛りだくさんだったMixed Model初級編、次回も続けて行うことにしました。
Mixed Modelを知りたい人、使用予定の人などなど、ご関心のある方は、できれば、ご自分の関心領域でMixed Modelを用いている文献を1つご持参いただくと良いかと思います。
日 時:2009年10月26日(月)10:30~
テーマ:Mixed Model 初級編(2)
場 所:医学部3号館 3階S308



Mixed model おすすめ文献集 (by 土屋政雄さん)

<マルチレベル一般>
・Diez Roux AV. A glossary for multilevel analysis. J Epidemiol Community Health. 2002 Aug;56(8):588-94.
・土居淳子. 社会科学データ分析のための線形混合モデル入門. 京都光華女子大学研究紀要. 45:211-232, 2007
・マルチレベルモデリング. 科学技術振興機構. 尾崎幸謙 http://www010.upp.so-net.ne.jp/koken/multilevel.ppt

[JECHのシリーズ] 
Merlo J, Chaix B, Yang M, Lynch J, Råstam L. A brief conceptual tutorial of multilevel analysis in social epidemiology: linking the statistical concept of clustering to the idea of contextual phenomenon. J Epidemiol Community Health.2005 Jun;59(6):443-9. Review.
Merlo J, Yang M, Chaix B, Lynch J, Råstam L. A brief conceptual tutorial on multilevel analysis in social epidemiology: investigating contextual phenomena indifferent groups of people. J Epidemiol Community Health. 2005 Sep;59(9):729-36.
Merlo J, Chaix B, Yang M, Lynch J, Råstam L. A brief conceptual tutorial onmultilevel analysis in social epidemiology: interpreting neighbourhood differences and the effect of neighbourhood characteristics on individual health.J Epidemiol Community Health. 2005 Dec;59(12):1022-8. Review.
Merlo J, Chaix B, Ohlsson H, Beckman A, Johnell K, Hjerpe P, Råstam L, Larsen K. A brief conceptual tutorial of multilevel analysis in social epidemiology:using measures of clustering in multilevel logistic regression to investigate contextual phenomena. J Epidemiol Community Health. 2006 Apr;60(4):290-7.


<介入研究用>
Gueorguieva R, Krystal JH. Move over ANOVA: progress in analyzing repeated-measures data and its reflection in papers published in the Archives of General Psychiatry. Arch Gen Psychiatry. 2004 Mar;61(3):310-7.
Hamer RM, Simpson PM. Last observation carried forward versus mixed models in the analysis of psychiatric clinical trials. Am J Psychiatry. 2009Jun;166(6):639-41.
Vickers AJ. Analysis of variance is easily misapplied in the analysis of randomized trials: a critique and discussion of alternative statistical approaches. Psychosom Med. 2005 Jul-Aug;67(4):652-5.
※これの補足として
Vickers AJ, Altman DG. Statistics notes: Analysing controlled trials with baseline and follow up measurements. BMJ. 2001 Nov 10;323(7321):1123-4.


<看護系雑誌での初心者向け特集>
Wu YW, Wooldridge PJ. The impact of centering first-level predictors on individual and contextual effects in multilevel data analysis. Nurs Res. 2005 May-Jun;54(3):212-6.
Adewale AJ, Hayduk L, Estabrooks CA, Cummings GG, Midodzi WK, Derksen L. Understanding hierarchical linear models: applications in nursing research. Nurs Res. 2007 Jul-Aug;56(4 Suppl):S40-6.
Estabrooks CA, Midodzi WK, Cummings GG, Wallin L. Predicting research use in nursing organizations: a multilevel analysis. Nurs Res. 2007 Jul-Aug;56(4Suppl):S7-23.
Shin JH. Application of repeated-measures analysis of variance and hierarchical linear model in nursing research. Nurs Res. 2009 May-Jun;58(3):211-7.


<統計ソフト>
[SPSS]
・Peugh JL. Using the SPSS Mixed Procedure to Fit Cross-Sectional and Longitudinal Multilevel Models. Educational and Psychological Measurement. 65:717-741 (2005)
・Hayes AF. A Primer on Multilevel Modeling. Human Communication Research. 32:385-410 (2006).
・Painter J. Designing Multilevel Models Using SPSS. http://www.unc.edu/~painter/SPSSMixed/SPSSMixedModels.PDF


[SAS]
・Singer JD. Using SAS PROC MIXED to Fit Multilevel Models, Hierarchical Models, and Individual Growth Models. Journal of Educational and Behavioral Statistics. 23:323-355 (1998)

<個人ページ>
John B. Willett
http://gseacademic.harvard.edu/~willetjo/
Judith D. Singer
http://gseweb.harvard.edu/~faculty/singer/
Tom Snijders
http://stat.gamma.rug.nl/multilevel.htm
Don Hedeker
http://tigger.uic.edu/~hedeker/ml.html
兼清さんの「まぜなれ」とか
http://bm.hus.osaka-u.ac.jp/~kanekiyo/study/index.html


[機関のページ]
The Centre for Multilevel Modelling (CMM)
http://www.cmm.bristol.ac.uk/index.shtml

UCLA Stat Computing Portal Multilevel Modeling Portal
http://statcomp.ats.ucla.edu/mlm/default.htm


つっちーリスト以上

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本)

2009/09/10

次はMixed Modelです

前回はサンプリングについて、これまで関係した調査でどのようなサンプリング法を用いたかを共有し、その限界や改善案について話しました。全数調査ができない場合に、Simple Random Samplingができれば良いのでしょうが、Cluster SamplingやSystematic Sampling、場合によっては恣意的な選択も併用しつつサンプリングを行うことが現実的には多いと思われます。

さらにこの回では、選挙人名簿あるいは住民基本台帳を用いたランダムサンプリングの実施上の困難(手続き、費用、時間等)についても、現在、体を張って調査に挑んでいる猛者の体験を聞かせていただきました。
調査は楽ではないですよね。

サンプリングについては、さらにどのように重み付けを行うかなども今後取り上げたいと思います。
が、それは次々回以降ということにして、
次回は参加者の関心の高いMixed Modelを扱います。

Mixed Modelを知りたい人、使用予定の人などなど、ご関心のある方は、できれば、ご自分の関心領域でMixed Modelを用いている文献を1つご持参いただくと良いかと思います。
日 時:2009年10月1日(木)17:00~
テーマ:Mixed Model 初級編
場 所:医学部3号館 3階S308


ご関心のある方は是非いらしてください!(文責:宮本)

2009/08/18

次回はサンプリング

前回はサンドイッチ会とエフェクトサイズの計算でした!詳しくは前のブログをご覧ください。

次回はサンプリングです。
サンプリング(ランダム抽出を実際にやるとしたらどのように行うか、などなど)について、既に行ったことのある人やこれから計画する人で学び合うことができればと思います。
日 時:2009年9月10日(木)17:30~
テーマ:サンプリングについて
場 所:医学部3号館 3階S308


ご関心のある方は是非いらしてください!(文責:宮本)

2009/08/04

サンドイッチ会報告&次回はサンプリング

前回はエフェクトサイズについて皆でG*Powerを使いながら深めました。

次回はサンプリング(ランダム抽出を実際にやるとしたらどのように行うか、などなど)について、既に行ったことのある人やこれから計画する人で学び合うことができればと思います。
次回日程は9月上旬を予定中ですが、また日程が決定したらご報告いたします。

さて、遅くなりましたが、7月のエビ研サンドイッチ会のご報告です。
パンに対する愛情の深いAyuさんがおいしいパンをずらりとセレクトしてきてくださり、ハム、明太子、ツナ、サーモン、玉子、野菜などなどで銘々が好きなようにサンドイッチを作って食べました。
おいしかったです。皆様どうもありがとうございました!

エビ研Sandwich  エビ研パン  エビ研作品  エビ研Sand集合

2009/06/10

次はエフェクトサイズ

前回はサンプルサイズの計算を取り上げました。
感想としては、G*Power=すばらしい!です。
つっちー、懇切丁寧なご紹介ありがとうございました!

また、サンプルサイズ計算にあたって必要となる情報である平均間の距離、標準偏差の情報をどのように見積もるかについて参加者で楽しい話し合いができました。

これに関連して、次回はエフェクトサイズについてもう少し見ていきます。
日 時:2009年7月2日(木)17:00~
テーマ:エフェクトサイズについて
場 所:医学部3号館 3階S308


自分のデータがある人は、実際に計算してみよう!ということも考えております。可能であれば、G*Power 3をダウンロード(前回記事参照)したパソコン持参でいらしてくださいませ。

また、夏の特別企画としてエビ研後(19時くらいから)にサンドイッチ大会(サンドイッチをおいしいパンと具材で作って食べる会)を企画しています。両方、エビ研だけ、あるいはサンドイッチ大会だけでも是非いらしてください。

ご関心のある方は是非いらしてください。(文責:宮本)

2009/05/25

次はサンプルサイズの計算

長らく取り組んでまいりましたSTROBEですが、前回エビ研でようやく最後まで到達しました。読んで良かった!です。これは何度でも読み返すと良いのだろうなぁと思いました。

さて、次回のエビ研です。
次回はサンプルサイズの計算を取りあげます。
サンプルサイズの計算方法もいろいろあるとは思いますが、まずはサンプルサイズを計算するソフト(G*Power)を使ってみよう!というところからです。
これに関連してeffect sizeにも触れると思います。

G*Powerとは、ドイツのHeinrich-Heine-UniversitätのInstitut für Experimentelle PsychologieのDr. Franz Faulらが開発しているPower analysesソフトです。
ダウンロードはこちら↓から。
http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/abteilungen/aap/gpower3

日 時:2009年6月4日(木)17:00~
テーマ:サンプルサイズの計算(1)
場 所:医学部3号館 3階S308


可能であれば、パソコン持参(G*Power 3をダウンロードしてあれば尚良し)でいらしてくださいませ。

ご関心のある方はぜひいらしてください。 (文責:宮本)

2009/04/21

次回はSTROBE終盤

何回かにわたり、STROBE statementを取りあげています。
前回は相対リスク、絶対リスクについてなども勉強しました。

次回もまだSTROBEです。次回はDiscussionの19)Limitationsからです。
日 時:2009年4月30日(木)14:00~
テーマ:観察研究 STROBE (5) [19Limitationsから]
場 所:医学部3号館 3階S308あるいは集会室(N305)


ご関心のある方はぜひいらしてください。 (文責:宮本)

2009/03/18

次回もSTROBE後半

何回かにわたり、STROBE statementを取りあげています。
次回もまだSTROBEです。次回はResultsの途中からです。
日 時:2009年3月19日(木)14:00~
テーマ:観察研究 STROBE (4) [Resultsから]
場 所:医学部3号館 3階S308あるいは集会室(N305)


前回ご紹介した、CONSORT等、国際ルールを集約した本は
中山健夫・津谷喜一郎編著「臨床研究と疫学研究のための国際ルール集」(ライフサイエンス出版)
です。

ご関心のある方はぜひいらしてください。 (文責:宮本)

2009/02/02

次回もSTROBE後半&お好み焼き報告

前々回から、STROBE statementを取りあげています。最近、STROBEに関して、周囲の関心が高まっているのを感じます!
というわけで、次回もSTROBEです。次回は12(d)からです。(ゆっくり進めているため、まだMethodsです。)
日 時:2009年2月6日(金)17:00~
テーマ:観察研究 STROBE (3) [12(d)から]
場 所:医学部3号館 3階S308あるいは集会室(N305)


ところで、1ヶ月以上たってしまいましたが、前回のお好み焼き企画の報告です。
当日はいろいろなご所属の方にご協力いただき、たいへんおいしい&楽しい会となりました。みなさまありがとうございました!
笑顔の楽しそうな写真もいっぱいあるのですが、とりあえず、食物の写真のみアップしてます。窪田さん写真ありがとう!
焼き中2 焼き中3

焼けました Fruits小