2011/02/09

次回Mixed Model続きの日程は調整中

次回Mixed Model続きは、諸事情により、当初予定していた開催日程を変更させていただきます。日程は決定し次第アップします。よろしくお願いいたします。

2011/01/28

次回Mixed Model続きの日程は調整中

以下の記事を「次回Mixed Model続きの日程は2月23日(水)」というタイトルで書いておりましたが、諸事情により、開催日程を延期させていただきたく御願い申し上げます。
また日程が決定し次第アップします。申し訳ありません。
ご不明な点は精神看護学分野の宮本<yyuki-tkyアットマークumin.ac.jp>までご連絡くださいませ。



前回ご参加の皆様、ありがとうございました!

とりあえず、次回もMixed Model続きです。
日 時:2011年2月23日(水)18:30~20:00 日程調整中
テーマ:Mixed Model (15)
場 所:医学部3号館 3階S308


次回みんなで読んでみる予定なのは下記の論文です。
O'Campo P, Caughy MO, Nettles SM. Partner abuse or violence, parenting and neighborhood influences on children's behavioral problems.  Soc Sci Med. 2010 May;70(9):1404-15. Epub 2010 Feb 12.
PMID: 20163906

Growth Modelは継続的にデータを取っていく(時間を連続して)ときなんかによくて、Mixed Modelは時間をカテゴリみたいに入れたりするときに使ったり。ということや、
SPSSのマニュアルとか、読んでみると良いこととか、
ICCが0.05-0.2の間だとMulti-levelは適しているようだ、とか、
Multi-level分析の結果は、標準化された値が出るわけではないので、変数間の影響力の程度の違いを見るのであれば変数の値を標準化させてから投入すると良いけれども、どちらかというと、この変数の値がこれくらいあがると従属変数にこのような影響が、というのを見ることが多いのではないか、とか
メモがいっぱいで、整理していると時間がかかっちゃうので、ばらばらしたまま書いておきます。

前回読んだのは下記です。
Cho SH, Ketefian S, Barkauskas VH, Smith DG. The effects of nurse staffing on adverse events, morbidity, mortality, and medical costs. Nurs Res. 2003 Mar-Apr;52(2):71-9.
PMID: 12657982

ほんとにばらばらとしたメモですが。。。

Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。
ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/12/16

次回Mixed Model続きの日程は1月26日(水)です

みなさま、先日、次回日程を1月19日と予告してしまいましたが、諸般の事情により、1月26日に変更させていただきました。予定を空けてくださっていた方、大変申しわけありません。

次回も、Mixed Modelです。
実際にデータを収集してMixed Modelを用いて解析をされた方の実際を聞いたり、Mixed Modelを用いた論文の表や方法の記載を複数見て勉強したいと考えています。論文が手元にある方、良い表を見かけた方はご持参下さるか、宮本にご一報いただけるとありがたいです。

日 時:2011年1月26日(水)18:30~20:00
テーマ:Mixed Model (14)
場 所:医学部3号館 3階S308


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Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/12/01

次回はMixed Model続き

前回(12/1)もご参加ありがとうございました。
前回はマルチレベル解析を行った、書きたてほやほやの論文の表を見せていただきながら、その研究で用いられた解析や値の意味について説明していただきました!貴重なデータをありがとうございました!

次回も、Mixed Modelです。
実際にデータを収集してMixed Modelを用いて解析をしたい方の実際を聞いたり、論文を読みながら勉強します。
日 時:2011年1月19日(水)18:40~20:10 → 1月26日(水)18:30-20:00 へ変更
テーマ:Mixed Model (14)<縦断データ初級編(9)?>
場 所:医学部3号館 3階S308


Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/11/12

次回(2010/12/1)はMixed Model続き

前回(10/14)もご参加ありがとうございました。
前回は論文の書き方、たとえばIntroductionではなぜこの研究が必要なのか、そのために主張と根拠を書くことや表現の仕方、結果で示す図や表の作り方等々についてメンバーが資料を持ち寄り話し合いました。それからMedical Writerという職業についても話し合いました!

次回は、またMixed Modelに戻り、実際にデータを収集してMixed Modelを用いて解析をされた方の実際を聞いたり、論文を読みながら勉強します。
日 時:2010年12月1日(水)18:30~20:00
テーマ:Mixed Model (13)<縦断データ初級編(8)>
場 所:医学部3号館 3階S308


Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/09/16

次回(2010/10/14)は医学論文注意点復習と論文読みながらMixed Model続き

前回(9/9)もご参加ありがとうございました。
欠損があった場合にどうするかの議論や、Multiple imputationについて話し合いました。
さらに、SPSSの syntax referenceは一見(一読?)の価値有り、という話もありました。

次回は、エビ研参加者の何人かが受講したMedical Writingの講義の内容紹介をし、Mixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。
日 時:2010年10月14日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (12)<縦断データ初級編(7)>
場 所:医学部3号館 3階S308


-2010/9/9木(第57回)のエビ研内容-
この回では、linear mixed-effects modelを用いた論文を読みました。紹介された論文は
Wilkens et al. Effect of glucosamine on pain-related disability in patients with chronic low back pain and degenerative lumbar osteoarthritis: a randomized controlled trial. JAMA. 2010 Jul 7;304(1):45-52.
です。

慢性腰痛に対するグルコサミン投与群とプラセボ群では、痛みに関連した障害等、この研究で測定されているアウトカムで6ヶ月介入後に有意な違いは見られない、といった結果でした。
(内容については、また今後加筆させていただきます。)

statistical analysisの記述がとても丁寧でした。

SPSSで、random effect の共分散構造(covariance type)のデフォルトはVC (variance component structure)になっていますが、今回読んだ論文を含め、unstructured(UN)で解析することも多いような印象を受けました。ここはもう少し自分でも理解したいところではあります。

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Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/09/08

次(2010/9/9Thurs)もMixed Model

予告の再掲です。
次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。

日 時:2010年9月9日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (11)<縦断データ初級編(6)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

ところで、エビ研の中で、米倉さん(よねちゃん)が紹介してくださっていたとても勉強になるサイトをまだ紹介していなかったことを思い出しました。

久保拓弥さんの「生態学データ解析」のページです。

線型モデルの発展(線型モデルから階層ベイズモデルまで)やそれぞれの推定計算方法(最小二乗法からMCMC法)の関係などを説明してくれています。モデルを理解しているとは言い難い私でも、大まかになら把握ができる!と思える内容です。よねちゃんご紹介ありがとうございます!

2010/08/06

次回(2010/9/9)も論文読みながらMixed Model

前回(8/5)もさまざまなご所属からのご参加ありがとうございました。
Mixed Modelのさまざまな呼ばれ方(Hierarchical Linear Model:階層線形モデルとか、Multi-levelとか)についてや、StataやRに対する熱いまなざし、Latent growth model:潜在成長曲線モデルはSEM(structural equation modeling)を使えるソフトならできるとか、さまざまな話をしながらMixed modelを用いた論文を読んだ楽しい夏の夜でした。

次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。
日 時:2010年9月9日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (11)<縦断データ初級編(6)>
場 所:医学部3号館 3階S308


-2010/8/5木(第56回)のエビ研内容-
この回では、generalized linear mixed model (GLMM:一般化線形混合モデル)を用いた論文を読みました。紹介された論文は
Lee et al. Analysis of group randomized trials with multiple binary endpoints and small number of groups. PLoS One. 2009 Oct 21;4(10):e7265.
です。

8つのクリニックが、‘がんのスクリーニング時期が来ているかどうかが患者自身にわかるようなシステム’を導入する介入群(4クリニック)と導入しない対照群(4クリニック)にランダムに割り付けられ、そのシステム導入時と1年後、2年後の時点でクリニックを利用している患者の(50才以上の女性には年に一度の実施を一般的に推奨されている)細胞診、マンモグラフィー、便潜血検査の受診の有無を調査しています。

この論文は生物統計学者が書いていて、multiple endpoints(受診の有無を調査している検査が3つ)で、グループの数が少ない(4+4=8)ようなgroup randomized trials (GRT)データを分析する上での実践的な助言を提供することも目的の一つとのことで、Methodsの記述がとっても丁寧です。

通常のRCTとは異なり、GRTでは同じグループ内の個人の回答が相関することが予測されること、intraclass correlation coefficient (ICC)の考え方、GLMMの説明、multiple endpointsであることを調整するためにstepdown Bonferroni method of Holmを用いていること、などなど、式も含め、たくさん説明を書いてくれています。

さらにさらに、SASのcodeも著者のウェブページ↓で公開してます!すばらしいですね。
http://personal.health.usf.edu/jlee2/software.htm

よねちゃん、素敵な論文のご紹介どうもありがとうございました!

ところで、私は数学とか数式は全然いやではないんですけど、式の読み方(読み下し方?音読の仕方?)やギリシャ文字等、記号の読み方がわからないと、途端に読むのがいやになります。呼び方というか、読み方がわからないと記号を記号として捉えることができないというのは自分でも残念なのですが。本や論文を自分で読むだけじゃなくて、講義とか、誰かの話を聞くことの良いところは、読み方がわかって、記号や式を認識できることだなぁ、と思いました。個人的な感想でごめんなさい。

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Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/08/04

次(2010/8/5Thurs)もMixed Model

予告の再掲です。
次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。

日 時:2010年8月5日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (10)<縦断データ初級編(5)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

ところで、エビ研とは何の関係もないのですが、先日、来日されていたStanley Lemeshow先生の講義をお聞きする機会がありました。

ここで学んだのは、fractional polynomialsについてと、Stataはなかなか良さそう!ということです。

と、これだけではなんのことだか自分でも忘れそうなので少しだけ書いておきます。
主題は、一般化線型モデルにおけるcontinuous covariatesの取り扱いです。
連続変量(continuous variables)を説明変数として回帰分析に投入する場合、通常は、従属変数との線形関係を想定してそのまま投入、あるいはいくつかのカテゴリー(高、中、低等)に分けて投入、などがあるけれども、線形関係を想定しないときにでも情報量を落とさずに連続変量を投入する際の操作として、Fractional polynomial を用いることができる、というものでした。

StataではFracpolyというプロシージャを用います。あてはまりの良い式(と言う表現で良いのか?)を探すのですが、当てはまりの良いものの中でも、単にdevianceが最小なものを選ぶのではなく、なるべくシンプルで、誰が見てもわかりやすい式を選びましょう、ということでした

Xの○乗という式の記述方法(ブログでの入力方法)がわからなくて式を書けないのですが、式は、-2乗から3乗まで(-2, -1, -1/2, 0, 1/2, 1, 2, 3)の組み合わせを用いた式になります。伝わらないですね。。。。

それと、Stataはおすすめだとのことでした。
以上、エビ研でやったことではありませんが、メモでした。
Lemeshow先生、それから、講義に参加させてくださった皆様、ありがとうございました。

2010/07/03

まだ続きます、次(2010/8/5Thurs)もMixed Model

前回(7月1日)もたくさんのご参加ありがとうございました。前回考えたMixed Modelの例題の復習からはじまり、実際にMixed Modelを用いている論文を読みながらその結果の記述なども含め検討しました。

紹介された論文は
Carei et al. Randomized controlled clinical trial of yoga in the treatment of eating disorders. J Adolesc Health. 2010 Apr;46(4):346-51.

Sjögren et al. Effects of a physical exercise intervention on subjective physical well-being, psychosocial functioning and general well-being among office workers: a cluster randomized-controlled cross-over design. Scand J Med Sci Sports. 2006 Dec;16(6):381-90.
です。

Careiらの論文は、Yoga介入前のWeek 0、(8週間のYoga介入後の)Week 9, Week 12でYoga群、No yoga群の摂食障害尺度その他の得点の変化を比較しています。

Sjögrenらの論文は、軽度の負荷の運動を15週間行い、その介入前後のphysica well-beingその他を測定しています。こちらの論文は、方法の部分でfixed effectとして投入した変数は何、random effectは何と細かに記述してあり、方法の記述は参考になりそうです。しかしながら、変数をステップワイズで落として最終的なモデルを決定していて、結果の記述はなぜ???という部分もありました。このモデルで分析したいと思ったのであれば、やはり変数をこのような形で落とすのはいかがなものだろうか、という議論がありました。

やはり、解析について学ぶには、実際にMixed Modelを用いている論文を読むのはとても勉強になる、と実感しました。この日はそのほかにもとても勉強になった話題があったのですが、それについてはまた後日記載します。

次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。

日 時:2010年8月5日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (10)<縦断データ初級編(5)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)