次回は9月2日（金）16:00- Rの出力から結果を読む

前回（7/29金）のエビ研でも、Mixed Model (Multilevel Model)の解析をRを用いて行いました。
1ヶ月あいてしまうと、データセットをRに読み込むところから躓いてしまい、解析にかかるまで時間がかかってしまいましたが、なんとか解析をすることができました。

次回は、この出力を、どのように読んで、論文等の表にするときにはどのように記述するのかをやってみたいと思います。

日　時：2011年9月2日（金）16:00～18:00
テーマ：Mixed Model (18)
場　所：医学部３号館　3階S308

前回演習で行った出力（次回に使う出力）を松長さんが送って下さいました。松長さんありがとうございます！

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> a <- read.csv(file.choose(), header = T)
> attach(a)
> a$centses <- ses - meanses
> library(lme4)
要求されたパッケージ Matrix をロード中です
要求されたパッケージ lattice をロード中です

次のパッケージを付け加えます: 'Matrix'

The following object(s) are masked from 'package:base':

det


次のパッケージを付け加えます: 'lme4'

The following object(s) are masked from 'package:stats':

AIC

> results1 <- lmer(mathach ~ 1 + (1 | schid), data = a)
> summary(results1)

Linear mixed model fit by REML
Formula: mathach ~ 1 + (1 | schid)

Data: a   

AIC	BIC	logLik	deviance	REMLdev
47123	47143	-23558	47116	47117

Random effects:

Groups	Name	Variance	Std.Dev.
schid	(Intercept)	8.614	2.9350
Residual		39.148	6.2569

Number of obs: 7185, groups: schid, 160

Fixed effects:   

	Estimate	Std. Error	t value
(Intercept)	12.6370	0.2443	51.72

> results2 <- lmer(mathach ~ 1 + meanses + schtype + (1 | schid), data = a)
> summary(results2)

Linear mixed model fit by REML
Formula: mathach ~ 1 + meanses + schtype + (1 | schid)

Data: a     

AIC	BIC	logLik	deviance	REMLdev
46956	46991	-23473	46944	46946

Random effects:

Groups	Name	Variance	Std.Dev.
schid	(Intercept)	2.3139	1.5211
Residual		39.1614	6.2579

Number of obs: 7185, groups: schid, 160

Fixed effects: 

	Estimate	Std. Error	t value
(Intercept)	12.0963	0.1986	60.90
meanses	5.3329	0.3686	14.47
schtype	1.2253	0.3058	4.01

Correlation of Fixed Effects:

	(Intr)	meanss
meanses	0.245
schtype	-0.698	-0.356

> results3 <- lmer(mathach ~ meanses + schtype + centses + meanses*centses + schtype*centses + (1 + centses|schid), data = a)
> summary(results3)

Linear mixed model fit by REML
Formula: mathach ~ meanses + schtype + centses + meanses * centses + schtype * centses + (1 + centses | schid)
Data: a

AIC	BIC	logLik	deviance	REMLdev
46524	46592	-23252	46496	46504

    
Random effects:

Groups	Name	Variance	Std.Dev.	Corr
schid	(Intercept)	2.38186	1.54333
	centses	0.10138	0.31841	0.392
Residual		36.72113	6.05980

Number of obs: 7185, groups: schid, 160

Fixed effects:

	Estimate	Std. Error	t value
(Intercept)	12.1136	0.1988	60.93
meanses	5.3391	0.3693	14.46
schtype	1.2167	0.3064	3.97
centses	2.9388	0.1551	18.95
meanses:centses	1.0389	0.2989	3.48
schtype:centses	-1.6426	0.2398	-6.85

Correlation of Fixed Effects:

	(Intr)	meanss	schtyp	centss	mnss:c
meanses	0.245
schtype	-0.697	-0.356
centses	0.080	0.020	-0.056
menss:cntss	0.019	0.079	-0.028	0.282
schtyp:cnts	-0.055	-0.029	0.082	-0.694	-0.351