2010/12/16

次回Mixed Model続きの日程は1月26日(水)です

みなさま、先日、次回日程を1月19日と予告してしまいましたが、諸般の事情により、1月26日に変更させていただきました。予定を空けてくださっていた方、大変申しわけありません。

次回も、Mixed Modelです。
実際にデータを収集してMixed Modelを用いて解析をされた方の実際を聞いたり、Mixed Modelを用いた論文の表や方法の記載を複数見て勉強したいと考えています。論文が手元にある方、良い表を見かけた方はご持参下さるか、宮本にご一報いただけるとありがたいです。

日 時:2011年1月26日(水)18:30~20:00
テーマ:Mixed Model (14)
場 所:医学部3号館 3階S308


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Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/12/01

次回はMixed Model続き

前回(12/1)もご参加ありがとうございました。
前回はマルチレベル解析を行った、書きたてほやほやの論文の表を見せていただきながら、その研究で用いられた解析や値の意味について説明していただきました!貴重なデータをありがとうございました!

次回も、Mixed Modelです。
実際にデータを収集してMixed Modelを用いて解析をしたい方の実際を聞いたり、論文を読みながら勉強します。
日 時:2011年1月19日(水)18:40~20:10 → 1月26日(水)18:30-20:00 へ変更
テーマ:Mixed Model (14)<縦断データ初級編(9)?>
場 所:医学部3号館 3階S308


Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/11/12

次回(2010/12/1)はMixed Model続き

前回(10/14)もご参加ありがとうございました。
前回は論文の書き方、たとえばIntroductionではなぜこの研究が必要なのか、そのために主張と根拠を書くことや表現の仕方、結果で示す図や表の作り方等々についてメンバーが資料を持ち寄り話し合いました。それからMedical Writerという職業についても話し合いました!

次回は、またMixed Modelに戻り、実際にデータを収集してMixed Modelを用いて解析をされた方の実際を聞いたり、論文を読みながら勉強します。
日 時:2010年12月1日(水)18:30~20:00
テーマ:Mixed Model (13)<縦断データ初級編(8)>
場 所:医学部3号館 3階S308


Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/09/16

次回(2010/10/14)は医学論文注意点復習と論文読みながらMixed Model続き

前回(9/9)もご参加ありがとうございました。
欠損があった場合にどうするかの議論や、Multiple imputationについて話し合いました。
さらに、SPSSの syntax referenceは一見(一読?)の価値有り、という話もありました。

次回は、エビ研参加者の何人かが受講したMedical Writingの講義の内容紹介をし、Mixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。
日 時:2010年10月14日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (12)<縦断データ初級編(7)>
場 所:医学部3号館 3階S308


-2010/9/9木(第57回)のエビ研内容-
この回では、linear mixed-effects modelを用いた論文を読みました。紹介された論文は
Wilkens et al. Effect of glucosamine on pain-related disability in patients with chronic low back pain and degenerative lumbar osteoarthritis: a randomized controlled trial. JAMA. 2010 Jul 7;304(1):45-52.
です。

慢性腰痛に対するグルコサミン投与群とプラセボ群では、痛みに関連した障害等、この研究で測定されているアウトカムで6ヶ月介入後に有意な違いは見られない、といった結果でした。
(内容については、また今後加筆させていただきます。)

statistical analysisの記述がとても丁寧でした。

SPSSで、random effect の共分散構造(covariance type)のデフォルトはVC (variance component structure)になっていますが、今回読んだ論文を含め、unstructured(UN)で解析することも多いような印象を受けました。ここはもう少し自分でも理解したいところではあります。

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Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/09/08

次(2010/9/9Thurs)もMixed Model

予告の再掲です。
次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。

日 時:2010年9月9日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (11)<縦断データ初級編(6)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

ところで、エビ研の中で、米倉さん(よねちゃん)が紹介してくださっていたとても勉強になるサイトをまだ紹介していなかったことを思い出しました。

久保拓弥さんの「生態学データ解析」のページです。

線型モデルの発展(線型モデルから階層ベイズモデルまで)やそれぞれの推定計算方法(最小二乗法からMCMC法)の関係などを説明してくれています。モデルを理解しているとは言い難い私でも、大まかになら把握ができる!と思える内容です。よねちゃんご紹介ありがとうございます!

2010/08/06

次回(2010/9/9)も論文読みながらMixed Model

前回(8/5)もさまざまなご所属からのご参加ありがとうございました。
Mixed Modelのさまざまな呼ばれ方(Hierarchical Linear Model:階層線形モデルとか、Multi-levelとか)についてや、StataやRに対する熱いまなざし、Latent growth model:潜在成長曲線モデルはSEM(structural equation modeling)を使えるソフトならできるとか、さまざまな話をしながらMixed modelを用いた論文を読んだ楽しい夏の夜でした。

次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。
日 時:2010年9月9日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (11)<縦断データ初級編(6)>
場 所:医学部3号館 3階S308


-2010/8/5木(第56回)のエビ研内容-
この回では、generalized linear mixed model (GLMM:一般化線形混合モデル)を用いた論文を読みました。紹介された論文は
Lee et al. Analysis of group randomized trials with multiple binary endpoints and small number of groups. PLoS One. 2009 Oct 21;4(10):e7265.
です。

8つのクリニックが、‘がんのスクリーニング時期が来ているかどうかが患者自身にわかるようなシステム’を導入する介入群(4クリニック)と導入しない対照群(4クリニック)にランダムに割り付けられ、そのシステム導入時と1年後、2年後の時点でクリニックを利用している患者の(50才以上の女性には年に一度の実施を一般的に推奨されている)細胞診、マンモグラフィー、便潜血検査の受診の有無を調査しています。

この論文は生物統計学者が書いていて、multiple endpoints(受診の有無を調査している検査が3つ)で、グループの数が少ない(4+4=8)ようなgroup randomized trials (GRT)データを分析する上での実践的な助言を提供することも目的の一つとのことで、Methodsの記述がとっても丁寧です。

通常のRCTとは異なり、GRTでは同じグループ内の個人の回答が相関することが予測されること、intraclass correlation coefficient (ICC)の考え方、GLMMの説明、multiple endpointsであることを調整するためにstepdown Bonferroni method of Holmを用いていること、などなど、式も含め、たくさん説明を書いてくれています。

さらにさらに、SASのcodeも著者のウェブページ↓で公開してます!すばらしいですね。
http://personal.health.usf.edu/jlee2/software.htm

よねちゃん、素敵な論文のご紹介どうもありがとうございました!

ところで、私は数学とか数式は全然いやではないんですけど、式の読み方(読み下し方?音読の仕方?)やギリシャ文字等、記号の読み方がわからないと、途端に読むのがいやになります。呼び方というか、読み方がわからないと記号を記号として捉えることができないというのは自分でも残念なのですが。本や論文を自分で読むだけじゃなくて、講義とか、誰かの話を聞くことの良いところは、読み方がわかって、記号や式を認識できることだなぁ、と思いました。個人的な感想でごめんなさい。

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Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/08/04

次(2010/8/5Thurs)もMixed Model

予告の再掲です。
次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。

日 時:2010年8月5日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (10)<縦断データ初級編(5)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

ところで、エビ研とは何の関係もないのですが、先日、来日されていたStanley Lemeshow先生の講義をお聞きする機会がありました。

ここで学んだのは、fractional polynomialsについてと、Stataはなかなか良さそう!ということです。

と、これだけではなんのことだか自分でも忘れそうなので少しだけ書いておきます。
主題は、一般化線型モデルにおけるcontinuous covariatesの取り扱いです。
連続変量(continuous variables)を説明変数として回帰分析に投入する場合、通常は、従属変数との線形関係を想定してそのまま投入、あるいはいくつかのカテゴリー(高、中、低等)に分けて投入、などがあるけれども、線形関係を想定しないときにでも情報量を落とさずに連続変量を投入する際の操作として、Fractional polynomial を用いることができる、というものでした。

StataではFracpolyというプロシージャを用います。あてはまりの良い式(と言う表現で良いのか?)を探すのですが、当てはまりの良いものの中でも、単にdevianceが最小なものを選ぶのではなく、なるべくシンプルで、誰が見てもわかりやすい式を選びましょう、ということでした

Xの○乗という式の記述方法(ブログでの入力方法)がわからなくて式を書けないのですが、式は、-2乗から3乗まで(-2, -1, -1/2, 0, 1/2, 1, 2, 3)の組み合わせを用いた式になります。伝わらないですね。。。。

それと、Stataはおすすめだとのことでした。
以上、エビ研でやったことではありませんが、メモでした。
Lemeshow先生、それから、講義に参加させてくださった皆様、ありがとうございました。

2010/07/03

まだ続きます、次(2010/8/5Thurs)もMixed Model

前回(7月1日)もたくさんのご参加ありがとうございました。前回考えたMixed Modelの例題の復習からはじまり、実際にMixed Modelを用いている論文を読みながらその結果の記述なども含め検討しました。

紹介された論文は
Carei et al. Randomized controlled clinical trial of yoga in the treatment of eating disorders. J Adolesc Health. 2010 Apr;46(4):346-51.

Sjögren et al. Effects of a physical exercise intervention on subjective physical well-being, psychosocial functioning and general well-being among office workers: a cluster randomized-controlled cross-over design. Scand J Med Sci Sports. 2006 Dec;16(6):381-90.
です。

Careiらの論文は、Yoga介入前のWeek 0、(8週間のYoga介入後の)Week 9, Week 12でYoga群、No yoga群の摂食障害尺度その他の得点の変化を比較しています。

Sjögrenらの論文は、軽度の負荷の運動を15週間行い、その介入前後のphysica well-beingその他を測定しています。こちらの論文は、方法の部分でfixed effectとして投入した変数は何、random effectは何と細かに記述してあり、方法の記述は参考になりそうです。しかしながら、変数をステップワイズで落として最終的なモデルを決定していて、結果の記述はなぜ???という部分もありました。このモデルで分析したいと思ったのであれば、やはり変数をこのような形で落とすのはいかがなものだろうか、という議論がありました。

やはり、解析について学ぶには、実際にMixed Modelを用いている論文を読むのはとても勉強になる、と実感しました。この日はそのほかにもとても勉強になった話題があったのですが、それについてはまた後日記載します。

次回もMixed Modelを用いた論文を読みながら勉強します。

日 時:2010年8月5日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (10)<縦断データ初級編(5)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/06/30

ワイドのデータセットで図表確認♪

引き続き、2010年2月25日の演習内容です。馬ノ段さんが作ってくれました。うまちゃんありがとう!アップが遅れて申し訳ありません!!

測定時点が何度もあるときに、その推移のグラフ(折れ線グラフ等)を確認しておきたいときに、SPSSのGUI画面ではどうするのか???という演習でした。


事前に元データを確認しておくことが大切です。
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「線の表現内容」と「変数」を設定します~(^―^)
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一度図を作成して、それから編集します!
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ダブルクリック、ダブルクリック!

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完成!!!


うまちゃんありがとう!

次(2010/7/1Thurs)もMixed Model続き(予告のみ再掲)

予告のみ再掲します!
次回もMixed Model(あるいはMultilevel Model)の続きです。
Mixed Modelを知りたい人、縦断データを解析する予定の人、どのような方もどうぞいらしてください。
日 時:2010年7月1日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (9)<縦断データ初級編(4)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本有紀)

2010/06/29

データセットの作成:ワイドをロングに!

4ヶ月も遅れましたが、、、、2010年2月25日のエビ研で行った演習の内容をここに記しておきます!馬ノ段(うまりの)さまがファイルを保存していてくれました、うまちゃんありがとう!

この日の演習1は、SPSSのGUI画面でワイドからロングにする方法でした。(シンタックス操作でのワイドからロング、ロングからワイドについてはこちらをご参照ください。)



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「選択された変数を使用します」でidを選択。

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名前を自由に書き換えます!

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そのままそのまま。

Uma9
シンタックスを残しましょう!!

Uma10
完成!!!!

<おまけで>
Timeが測定時点の期間ではなく、順序で表示されているので変更しておく
1, 1, 2, 3 → 2, 4, 6, 8 へ
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Uma12


うまちゃん、感謝です!

2010/05/28

次(2010/7/1Thurs)もMixed Model続き

前回(5月20日)は、たくさんの方にご参加いただき、和気藹々とした会となりました。Mixed Modelの復習からはじまり、Random EffectとFixed Effectをどう考えたら良いのか、Multilevelのlevel 1とかlevel 2はどう考えるのか、身近な話題を例にして考えました。

次回もMixed Model(あるいはMultilevel Model)の続きです。
Mixed Modelを知りたい人、縦断データを解析する予定の人、どのような方もどうぞいらしてください。
日 時:2010年7月1日(木)18:00~19:30
テーマ:Mixed Model (9)<縦断データ初級編(4)>
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

いつも、感想だけじゃなくて、エビ研で行った内容についてちゃんとした報告を書かないと、という思いで記事をなかなか書けずにいて次回予告が遅れてしまうことを反省して、今回は、まずは予告だけアップします。
学んだことをすぐに忘れてしまうので、思い出すきっかけとするためにも、会の記録のためにも、できるだけこのブログにいろいろ報告を残しておきたいとは思っています。

ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本)

2010/05/14

次(2010/5/20)は成長曲線モデル(Mixed Model)続き

前回(2月25日)から3ヶ月も空いてしまいました!
次回も成長曲線モデルの続きを行います。だいぶ時間があいてしまったので、Mixed Model(あるいはMultilevel Model)の復習からになると思います。

Mixed Modelを知りたい人、縦断データを解析する予定の人、
どのような方もどうぞいらしてください。
日 時:2010年5月20日(木)18:00~19:30
テーマ:縦断データ-成長曲線モデル初級編(3)
場 所:医学部3号館 3階S308

また、Mixed Modelを用いた研究で解析方法について丁寧に記述してある論文をお持ちの方は、是非ご紹介ください。

2010/04/06

次回の日程調整中

ご無沙汰しています。前回のエビ研:Growth Model初級編(2)(2010/2/25)の報告もしないまま随分時間が経ってしまいました。
当時のメモには、「普通のMixedはみんなの平均。Growth Modelはそれぞれ。」と書いてあり、さらに、「個人が組織にnestされる。」「個人に測定時間がnestされる。」との記述もあります。これはなんの文脈だったのか。。。記憶が不確かなのにここに書くのもなんですが、とりあえずメモということで。
そのときのシンタックスや出力はあるので、また復習しながら(いつか)書きたいと思います。

ところで、次回のエビ研開催日程は、現在調整中です。新学期のスタートが決まり次第ご連絡させていただきます。
ご要望があれば宮本までお知らせ下さいませ。

2010/02/13

次回は縦断データ解析

先日(2010/1/21)のエビ研は、成長曲線モデル(growth model)のざっくりとした考え方とSASでの解析画面を見せてもらいました。

そのときに学んだことを書きたいのですが、まずはとりあえず次回の日程と、懇親会兼勉強会の様子をアップします。

次回の日程のご連絡です。
縦断データを解析する予定の人も含め、どのような方もどうぞいらしてください。
日 時:2010年2月25日(木)13:30~15:00
テーマ:縦断データ-成長曲線モデル初級編(2)
場 所:医学部3号館 2階S210計算機室または3階S308


さらに、当日プロジェクター等を使って勉強しながら行った懇親会の残り香(?)を末尾にご報告します。

どうもありがとうございました。
ご関心のある方は次回も是非いらしてください!(文責:宮本)
YandN BeatTheBlues

UTE Six 

EviFoods UNYY

2010/01/18

次(2010/1/21)は成長曲線モデル(再掲)

次回の日程のご連絡です(再掲)。
Mixed Modelを知りたい人、縦断データを解析する予定の人、
どのような方もどうぞいらしてください。
日 時:2010年1月21日(木)17:00~18:30
テーマ:縦断データ-成長曲線モデル初級編(1)
場 所:医学部3号館 3階S308

さらに!エビ研終了後に懇親会を予定しています。

懇親会だけの出席も歓迎です!ぜひぜひいらしてくださいませ。